故事讲述海绵宝宝和姐妹团帮助自大又无能的皮老板赢回变异的计算机老婆凯伦的芳心，从而阻止变异凯伦征服世界，让比奇堡恢复和平的故事。

比奇堡和其中的所有居民突然被捞出海面，珊迪·奇克斯和海绵宝宝前往德克萨斯州拯救小镇，使小镇免受邪恶阴谋的荼毒。

1942年，第二次世界大战如火如荼，此时的日本在亚洲各战场所向披靡，无往不利。在南洋爪哇岛的热带丛林中，一所日军战俘看守所伫立于此，陆军大尉世野井（坂本龙一 饰）和大原上士（北野武 饰）共同管理看守所。大原作风粗鲁，冷酷无情，…

海绵宝宝是一块穿着短裤衬衫打领带、暴牙大眼睛的黄色海绵，他生活在太平洋中央一片名为比基尼的海底之下。这里风和日丽，平静祥和，生活无忧无虑。海绵宝宝住在一个菠萝形状的房子里，与之为伴的是他的宠物小蜗（蜗牛）。开朗、纯真的海…

海绵宝宝第二部本动画的主角，是一块居住在海洋深处的黄色海绵(住所是一个大菠萝(即凤梨)中)，他是一个可爱、慷慨大方、友好、可信赖的朋友。他露出龅牙的笑容，非常富有表现力的脸和身体，以及他纯真美好的天性使他非常可爱。