《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。

1～4：香港九龙财宝杀人事件 5：速水玲香与不速之客 6～9：炼金术杀人事件 10～14：狱门塾杀人事件 15～16：高空一万米的杀人 17：露营场怪事件 18：跳水池的恶灵 19～22：剑持警部的杀人 23～25：游戏馆杀人事件