《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙…

星星球的人们发现了一个新星球--古灵星，它是一颗神秘的星球，上面蕴含着各种神秘的资源。校长和博士率领五个超人去探险，他们无意中探入了古灵星的地下城，探秘失落的文明。灰心星球司令派大小怪在探险队卧底，随时窃取探险的成果，并带…

三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探…