帕帕的队友乔奇因为同乡的前辈，也是国民英雄马可的自杀，而对自己作为参赛者的生活感到了疑惑，产生了引退的念头。与此同时，PAOPAO啤酒队正为了参加“日本杯越野自行车赛”，准备出发去宇都宫…… 于2003年夏天公开放映，并于年底发售…

　　主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。

结束了与新短笛大魔王的天下第一比武大会，我们的地球迎来了长达五年的和平时期，数次拯救世界的孙悟空（野泽雅子 饰）在此期间与琪琪走入婚姻殿堂，并生下了可爱的儿子悟饭。然而更大的危机一波又一波向勇敢的战士们袭来。打头阵的赛亚…

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起…